Seizoen 1: Jestro, de nar van de koning, is op dievenpad geweest en heeft het vreemde pratende Boek der Monsters gestolen. Geen enkele plaats is meer veilig. Jestro, het boek en de monsters zijn losgeslagen en laten een spoor van vernieling achter in het koninkrijk. Diep in het geheugen van de holografische tovenaar Merlok 2.0 komen donkere geheimen uit het verleden tevoorschijn, nu niet meer duidelijk is wie het échte vijandelijke genie is: is dat Jestro of het Boek der Monsters? Het is aan de dappere NEXO Knights om het koninkrijk te redden.

Seizoen 2: Er staat veel op het spel wanneer Knighton belaagd wordt door Jestro, de Boekhouder en hun monsters. In hun aanhoudende zoektocht naar de verdwenen magische boeken worden de boosaardige schurken steeds krachtiger. Het is een kwestie van tijd voordat ze het hele koninkrijk zullen overnemen. Maar de NEXO Knights zijn inmiddels uitgegroeid tot een efficiënt team van monsterbestrijders. Kunnen ze de gemene plannen van de vijand stoppen?