Ark Nova: Marine Worlds, een uitbreiding voor Ark Nova, introduceert meerdere nieuwe elementen in het spel, zoals zeedieren die allemaal moeten worden gespeeld in nieuwe speciale plekken die naast water moeten worden gebouwd.

Ongeveer de helft van de zeedieren zijn rifbewoners, en telkens wanneer je een rifbewoner aan je dierentuin toevoegt, activeer je de vaardigheid van alle rifbewoners in je dierentuin. Om de randomness van het deck aan te pakken, veroorzaakt door het toevoegen van meer kaarten, hebben alle zeekaarten een golfpictogram. Telkens wanneer zo'n patroon wordt onthuld, gooi je de eerste kaart in de rij weg en vul je deze weer aan.

Er is een nieuwe vierde universiteit beschikbaar op het bord, en als je deze neemt, claim je één van de zes speciale universiteiten uit de reserve met een onderzoekspictogram en één van de zes dierenpictogrammen. Wanneer je dit neemt, onthul je kaarten van de bovenkant van de stapel en pak je de eerste open kaart met een dierenpictogram dat overeenkomt met de door jou gekozen universiteit.

Voor elk van de vijf actiekaarten zijn er vier alternatieve versies met een kleine twist beschikbaar. Spelers trekken actiekaarten aan het begin van het spel en vervangen twee van hun standaard actiekaarten door deze nieuwe kaarten, waardoor de asymmetrie in het spel toeneemt.

Er worden ook nieuwe bonustegels en scorekaarten toegevoegd.